Sejarah Jabatan Pelajaran Kelantan bermula apabila pengarahnya yang pertama (dahulunya dipanggil Penguasa Pelajaran) iaitu Encik Mohd Ghazali B. Mohd Ariffin dilantik pada tahun 1922. Beliau kemudiannya dianugerah dengan gelaran Dato’ Bentara Luar dan bertugas sehingga tahun 1930.

Pejabat Pelajaran yang pertama terletak di bangunan yang dikenali dengan nama "Office Panjang", iaitu sebuah bangunan berhampiran dengan Istana Kota Lama. Kemudian dalam tahun 1930 an pula Pejabat Pelajaran berpindah pula ke bangunan lain yang dikenali dengan nama "Office Pohon Celagi" di bangunan Setiausaha Kerajaan Negeri kelantan, berhampiran dengan bangunan pejabat lama. Pada tahun 1965 pejabatnya berpindah pula ke bangunan baru iaitu Bangunan Persekutuan yang ada sekarang.

Dari tahun 1922 hingga 18 Ogos 1998 terdapat seramai 25 orang Pengarah. Mereka terdiri dari 13 orang yang berbangsa Melayu,10 orang yang berbangsa Inggeris dan 2 orang yang berbangsa Cina. Pengarah yang paling lama berkhidmat di Kelantan ialah Encik Saw Chee Ling iaitu selama 12 tahun.

Sejak dari zaman penjajahan hingga hari ini,Jabatan Pelajaran telah berkembang dengan pesatnya dalam usaha meningkatkan mutu pendidikan ini selaras dengan Dasar Falsafah Pendidikan Negara.

Di bawah pentadbiran jabatan ini juga ditubuhkan Pusat Sumber Pendidikan Negeri. Manakala di peringkat Daerah pula telah ditubuhkan lima Pejabat Pelajaran Daerah iaitu Pejabat Pelajaran Daerah Kota Bharu, Pejabat Pelajaran Daerah Pasir Mas/Tumpat, Pejabat Pelajaran Daerah Pasir Puteh/Bachok, Pejabat Pelajaran Daerah Tanah Merah/Machang/Jeli dan Pejabat Pelajaran Daerah Kuala Krai/Gua Musang.